İstanbul’un tarihsel kronolojisinde büyük boşluklar bulunmaktadır. Özellikle Tarih Öncesi çağları kapsayan dönemler hakkında bilgilerimiz çok azdır.M.Ö. 800.000 bin yıldan beri yaşam izleri veren Yarımburgaz mağarası, yanında Fikirtepe ve Pendik yerleşimleri ve son yıllarda Marmaray kazıları ile ortaya çıkarılan M.Ö 6500-5500 lü yıllara ait Neolitik- Kalkolitik Döneme ait veriler bir nebze olsun İstanbul’un dip tarihine ışık tutmuştur.Uygarlık tarihi açısından kıtalararası önemli bir geçiş noktası olan İstanbul’un tarihi, yakın zamana kadar bir efsaneye dayandırılarak Megara, Argos ve Korint’den gelenler tarafından MÖ 667’de başlamış olarak kabul edilirdi. Son 25 yıllık çalışmalar bu tarihi çok daha eskilere götürmüştür.
Ancak, İstanbul ve çevresinde yapılan arkeolojik çalışmalarda M.Ö. 5500 ile M.Ö. 667 yılları arasındaki 4000 yıllık bir zaman dilimini dolduracak veriler ele geçmemiştir. Özellikle M.Ö. 2. bin de Anadolu ve çevresinde Asur, Hitit, Arzawa, Aka-Miken, Mısır gibi Akdeniz ve Ege’de büyük devletlerin ve imparatorlukların ortaya çıkıp, çıkar bölgelerini genişletmeye çalıştığı bir dönemde, ne İstanbul ne de yakın çevresinde herhangi bir yaşam izi bulunmamıştır. Bu durumun açıklanması oldukça zordu.
İstanbul’un eski çağ tarihine katkı sağlamak amacıyla Kültür ve Turizm Bakanlığı ile Kocaeli Üniversitesi adına 2009 yılında başlayan Küçükçekmece Göl Havzası (Bathonea) kazıları Projesinin amacı, arkeolojik açıdan açıklanması zor olan bu durumun üzerine gitmek ve daha önce yapılan çalışmaların eksik bıraktığı verileri tamamlamaktır.
2009 yılında başlayan kazılarda ilk iki yıl araştırma ve jeofizik çalışmaları yapılarak kazılacak alanlar tespit edilmiştir.
Bu çalışmalar sırasında Helenistik ve Roma dönemlerine tarihlenen Büyük ve Küçük olarak adlandırılan iki adet antik Liman ve göl içinde kalmış bir Antik Deniz Fenerinin izleri tespit edilmiştir. Bu keşifle ülkemizdeki Patara’dan sonra ikinci antik deniz feneri tespit edilmiştir.